Un Instituto de Investigación Científica y Tecnológica es una unidad académica-administrativa, dedicada a la investigación, con apoyo de centros y grupos de investigación adscritos.

• Instituto de Investigación y Desarrollo de Tecnologías aplicadas (IIDTA).
• Instituto de Investigaciones en Ciencia, Ingeniería y Tecnología de Alimentos (ICITAL).
• Instituto Observatorio Urbano Regional Fronterizo (OURF).
• Instituto de Investigación en Producción Verde (IPV).
• Instituto de Ciencias Naturales y Biotecnología (ICNBIO).
• Instituto de Biocombustibles, Energías Alternativas Y Renovables (IBEAR).
• Instituto de Investigación en Ciencias Biomédicas (INBIOM).
• Instituto de Investigaciones en Ciencias Agropecuarias (INVESAGRO).
• Instituto de Investigación en Paz, Conflictos y Democracia.
• Instituto de Investigaciones en Lenguas y Culturas (IN LINGUA).
• Instituto de Investigaciones en Ciencias Económicas y Empresariales (ICEE).