El programa de Ingeniería de Alimentos se apoya en la parte Investigativa a través de 4 grupos de Investigación propios del programa:

• El Grupo de Investigaciones en Ingeniería y Tecnología de Alimentos GINTAL.
• Grupo de Investigación Bioprocesos y alimentos GIBA.
  
• Grupo de investigación Innovaciones Alimentarias INNOVA.
• Grupo de Investigación en Bioingeniería Alimentaria

Además se apoya en otros grupos Interinstitucionales a los que pertenecen los docentes del programa, como: Recursos Naturales, Grupo de Investigación en Química,

• Grupo de Investigación en Microbiología y Biotecnología GIMBIO.
• Grupo de Automatización y Control. Soportados en diferentes áreas de conocimiento: Calidad, Inocuidad y protección de Alimentos, Optimización de recursos, Innovación Tecnológica, Poscosecha entre otros.
• Grupo de Investigación en Recursos Naturales.
• Grupo en química

Los estudiantes de pregrado y posgrado se vinculan al Sistema de Investigación a través de los grupos de investigación, en donde estos los acogen en diferentes modalidades como integrantes del grupo para desarrollar sus trabajos de grado. De igual forma también se vinculan como jóvenes investigadores cuando se cumplen ciertos requisitos, pero en su gran medida los estudiantes se vinculan a la investigación es a través de los semilleros de investigación.

La investigación en la Universidad de Pamplona está organizada desde la vicerrectoría de investigaciones, cuya estructura organizacional se muestra en el Gráfico 4,en donde se evidencia el orden letárgico, los órganos asesores y las subdivisiones para la asistencia a la investigación como es la división de posgrados, soporte técnico, soporte financiero y apoyo al investigador.