El Departamento de Norte de Santander, en el que se ubica la Universidad de Pamplona, cuenta como único programa de Especialización en transformación de residuos agroindustriales de la Universidad de Pamplona. Por otra parte, el tipo de investigaciones que se realizan en la universidad, al igual que la infraestructura investigativa hacen de esta especialización no sólo única en el departamento sino en la región nororiental de Colombia. El 85% de la producción científica del departamento se realiza en la Universidad de Pamplona y gran parte de ella surge de investigaciones en el área de la Especialización en Transformación de residuos Agroindustriales o en trabajos interdisciplinarios entre la Especialización en y otras áreas como las matemáticas, la biología y la ciencia de alimentos, por mencionar unos pocos.

El Programa de Especialización de la Universidad de Pamplona cuenta con soporte tecnológico de investigación tangible, por cuanto dispone de completos laboratorios de análisis fisicoquímico, microbiológico, sensorial, en alimentos, equipados con tecnología de punta en cromatografía HPLC, GC, IC. Espectrofotometría UV/VIS, NIR, espectrometría de masas, análisis termo gravimétrico, colorimetría, titulación potenciométrica, absorción atómica, electroforesis, polarimetría y refractometría. También dispone de la infraestructura para el servicio de internet con 400 puntos en funcionamiento, entorno virtual de aprendizaje (E.V.A) y toda la infraestructura de la plataforma de información siglo XXI, propia de la Universidad.

El programa de investigación de la especialización propende por el desarrollo de competencias cognitivas complejas que impliquen la identificación de un problema, la formulación de hipótesis y la propuesta de una metodología para proponer posibles soluciones. Desde esta perspectiva, la participación de los estudiantes en los proyectos del grupo de investigación dependerá de sus destrezas para trabajar en grupo, interpretar y proponer posibilidades de desarrollo.

Se han incluido materias electivas basadas en las especialidades de los docentes que acompañan el programa, estas son: Bioprocesos, Técnicas de separación y purificación de productos, Especialización en Transformación Ambiental, Residuos agroindustriales aplicados a la Bioremediación, Tecnologías emergentes en la innovación de productos alimentarios

La especialización en Transformación de Residuos Agroindustriales de la Universidad de Pamplona es única debido a las disciplinas científicas sobre las cuales se han desarrollado las líneas de investigación como Procesos de Transformación, Bioprocesos, ambiental y Legislación ambiental nacional e internacional, todos ellas con un soporte tecnológico y social.

La especialización en Transformación de Residuos Agroindustriales de la Universidad de Pamplona ofrece la posibilidad de profundizar en temas específicos que corresponden a tres líneas de investigación: Biocombustibles, Proyectos educativos y desarrollo de nuevos productos.