La Facultad de Ciencias Básicas fue creada mediante acuerdo del Consejo Superior,Acuerdo No.066 del 16 de mayo de 2003.
ARTICULO PRIMERO: Créase la Facultad de Ciencias Básicas de la Universidad de Pamplona, como la unidad académica administrativa responsable del proceso de formación de profesionales de su competencia.
ARTICULO SEGUNDO: son propósitos de la Facultad de Ciencias Básicas de la Universidad de Pamplona, lo siguiente:
a.) Ofrecer programas en el área de las Ciencias Básicas, de alto nivel de calidad, que garanticen la formación integral del futuro profesional, el desarrollo de su capacidad crítica, reflexiva y analítica, y su competencia investigativa e innovadora en el área.
b.) Contribuir a consolidar la actividad científica en la institución y en el oriente colombiano mediante la conformación de grupos interdisciplinarios, que lideren el surgimiento de la cultura investigativa en la Universidad de Pamplona.
c.) Generar conocimientos científicos y tecnológicos, que contribuyan al crecimiento económico sostenible de la región y del país.
d.) Ofrecer formación profesional a una franja amplia de bachilleres del área de influencia de la Universidad de Pamplona, en el área de las Ciencias Básicas.