A finales de los años noventa se crea la Facultad de Ciencias Naturales y Tecnológicas conformada por los antiguos programas de Ingenierías Electrónica y de Alimentos, el programa de Microbiología con énfasis en Alimentos y las Tecnologías en Saneamiento Ambiental y en Alimentos, así como los programas creados en estos años de Ingenierías Ambiental, de Telecomunicaciones, Mecánica, Mecatrónica, Sistemas, Industrial y el programa profesional de Física. En el año 2003, el programa de Microbiología con Énfasis en Alimentos se traslada a la Facultad de Ciencias Básicas y se incorpora a ésta el programa de Arquitectura, conformándose así la actual FACULTAD DE INGENIERÍAS Y ARQUITECTURA, que el 2010 nuestra facultad oferta más de 37 programas en las sedes de Pamplona y Villa del Rosario, con más de 4 mil estudiantes.
Decano
MAURICIO ROJAS CONTRERAS
(1 de Febrero de 2013 - Actual).
ALDO PARDO GARCÍA
(1 de Marzo de 2010 al 31 de Enero de 2013).
OSCAR AUGUSTO FIALLO SOTO
(16 de Enero al 20 de Mayo de 2003 y 1 de febrero de 2004 al 28 de Febrero de 2010).
MARIELA HERNANDEZ ORDOÑEZ
(21 de Mayo de 2003 al 31 de Enero de 2004).