Diversidad genética de especies silvestres y cultivadas de Rubus L. de los municipios de Pamplona y Chitagá, región Nororiental de Colombia

Diversidad genética de especies silvestres y cultivadas de Rubus L. de los municipios de Pamplona y Chitagá, región Nororiental de Colombia.

Cancino-Escalante Giovanni Orlando 1, Barbosa Hernández Dámarys Sileidy, Carvajal Claudia Díaz.

1Departamento de Biología y Química, Universidad de Pamplona. Pamplona, Colombia.

Resumen

Analizar las tasas de similitud y variabilidad genética entre las accesiones cultivadas elite y especies silvestres del genero Rubus con marcadores moleculares AFLP en fincas con cultivos comerciales de Rubus glaucus Benth, pertenecientes a cuatro asociaciones de cultivadores de mora en los municipios de Pamplona y Chitagá (Norte de Santander, Colombia). Se evaluaron individuos de 15 accesiones de R. glaucus que habían sido previamente seleccionados mediante mecanismos de

selección participativa en fincas comerciales y tres especies silvestres (R.adenotrichus, R.bogotensis y R.rosifolius). Se emplearon 3 combinaciones de cebadores de AFLPs previamente reportados como polimórficos y reproducibles para Rubus, con el propósito de analizar el patrón molecular de las plantas de cada accesión seleccionada. Se efectuó un análisis de agrupamiento y un análisis de coordenadas principales con AFLP, que permitió agrupar las diferentes accesiones por su semejanza o disimilitud. Para el análisis de agrupamiento se utilizó el índice de similitud de Dice y el algoritmo de agrupamiento jerárquico UPGMA. Se contabilizaron 194 marcadores, 34,16% de los cuales fueron polimórficos. Estos resultados, alcanzados por primera vez en la región nororiental de Colombia (Provincia de Pamplona) en Rubus, son importantes ya que representan el primer estudio sobre el conocimiento de la diversidad genética de Rubus en la región de Pamplona. Adicionalmente se determino la huella genómica de genotipos elite de R. glaucus seleccionados por mecanismos de selección participativa, contribuyendo a los programas de mejoramiento genético de la mora de castilla y al manejo sostenible de la diversidad genética en Colombia y en la región Andina.

Palabras claves: Rubus glaucus, AFLP, distancias genéticas, reconocimiento, taxa, descriptores, análisis de agrupamiento y coordenadas principales.

Genetic diversity of wild and cultivated species of Rubus L. municipalities of Pamplona and Chitagá, northeastern Colombia.

Abstract

Analyze similarity rates and genetic variability between elite cultivated accessions and wild genus Rubus species with AFLP markers in commercial Rubus glaucus farms, owned by four blackberry growers association in the municipalities of Pamplona and Chitagá (Northeast of Santander, Colombia). Individuals of 15 previously selected accessions of R. glaucus and three wild species (R. adenotrichus, R. bogotensis y R. rosifolius), using participatory varietal selection were evaluated. Three combinations of AFLPs primers, previously reported as polymorphic and reproducible for Rubus, with the purpose of analyzing the plants molecular pattern of each accession were used. A conglomerate analysis was used to group the different accessions according to its similarity or dissimilarity. For the cluster analysis the samples were hierarchically grouped using the Dice coefficient (or similarity index) and the UPGMA methods. Of the 194 scored markers, 34.16% were polymorphic. These results are important because they represent the first study of the genetic diversity of Rubus in the north eastern region of Colombia (Province of Pamplona). In addition, the genomic fingerprint of elite R. glaucus genotypes using participatory varietal selection, contributes to the genetic improvement programs of blackberry and the sustainable management of genetic diversity in Colombia and the Andean Region.

Key words: Rubus glaucus, AFLP, genetic distances, recognition, taxa, descriptors, cluster analysis.