La misión del Centro Experimental Granja Villa Marina es apoyar las actividades docentes, investigativas, de proyección social y de producción de las carreras del sector agropecuario de la Universidad de Pamplona, generando, difundiendo y aplicando conocimientos con el fin de contribuir al desarrollo agropecuario del área de influencia del Centro, del municipio de Pamplonita, del departamento y de Colombia.

El Centro Experimental Granja Villa Marina propende por la formación y capacitación teórico–práctica de los futuros profesionales realistas y pragmáticos del sector, en el sentido de que sepan solucionar los problemas de los agricultores y ganaderos con base en los recursos que ellos realmente posean o puedan adquirir. Para ello, se desarrollan prácticas integrales que contribuyen al avance de la ciencia y la tecnología en áreas agropecuarias y afines, ampliando el conocimiento, promoviendo la transferencia de tecnología y fomentando la producción en beneficio de la comunidad universitaria, respondiendo a las necesidades del país.

De igual manera, se impulsa la transferencia de tecnología y se fomenta el desarrollo agropecuario de la región y del departamento, convirtiéndose en un centro de creación e implementación de convenios interinstitucionales de carácter nacional e internacional, que propendan por la conservación del medio ambiente y por un desarrollo sostenible y sustentable.