Fomento de la investigación como práctica central: Fomentar la investigación es darle herramientas a la comunidad universitaria y sus redes con el fin de hacer de la investigación la práctica fundante de la construcción de conocimientos.

Buenas Prácticas de Investigación (BPI): Ratificar la concordancia de la investigación a las normas éticas y legales vigentes, de manera que desde el compromiso individual e institucional se garanticen las mejores prácticas científicas. Las investigaciones que involucren la participación de personas, el uso de muestras biológicas humanas o datos personales deben ser revisadas por el Comité de Bioética.

Conocimiento para el impulso social regional: La investigación es eje fundamental que genera, desarrolla y difunde el conocimiento científico, tecnológico, social y cultural para consolidar en la región mayores niveles sostenibles de bienestar.

Evaluación, divulgación y transferencia de la producción investigativa: Toda investigación debe generar resultados o productos de investigación visibles y evaluables. Para la exitosa transferencia de resultados de investigación a la sociedad y a los sectores económicos se requiere de alianzas estratégicas con los beneficiarios potenciales.

Integración de la academia binacional: en los campos de la investigación básica y aplicada, como misión de la Universidad de Pamplona y articulada al proceso de construcción social del desarrollo de la región fronteriza.

Autonomía e independencia de la investigación: La investigación de la Universidad de Pamplona se enmarca en la autonomía universitaria con carácter independiente, reflexivo y propositivo.